ですから、個人診療所、医療法人、国、地方公共団体、公益法人、公益法人等はもちろん、非居住者または外国法人でも、国内で課税資産の譲渡等を行うのであれば、消費税の納税義務者となります。

ただし、国内取引は、小規模事業者などの納税義務が免除されることがあります。

医薬品等業者	医薬品	診療所	診療	患者
	仕入代金52,500円 （うち消費税額等2,500円）		診療報酬315,000円 （うち消費税額等15,000円）

上記の場合、患者から受け取った消費税15,000円を税務署に納付するのではなく、そこから医薬品等の仕入業者に支払った2,500円を差引いた残額12,500円を納付することになります。

患者への医療サービスを行った時に受け取った消費税 （15,000円）

−

医薬品、診療材料等の仕入の際に支払った消費税 （2,500円）

＝

納付税額 （12,500円）

※消費税の課税売上割合が全体の売上の95％未満の場合は課税売上に対応する課税仕入の部分のみが控除されます。