「税込経理」または「税抜経理」、どちらの方法を選択するかは事業者の任意です。どちらの方法を採用しても、納付する消費税額は同額です。

ただし、税込経理の場合は、所得金額に影響がでてきます。なお、本則課税で経理処理をする場合は、税抜経理で処理するのが一般的です。また、経理処理は原則として、すべての取引について同一方式の経理処理により行うことになります。

けれども、納税義務が免除される新規開業の場合でも、選択によっては納税義務者となることができます。

診療所の開設、高額な医療機器購入等の課税仕入がある場合、納税義務者になることで、その課税仕入れに係る消費税の還付を受けられることがあります。自由診療の割合が多い整形外科、歯科、産婦人科については特に注意が必要です。

ただし、2年間は課税事業者として拘束されることになりますので、その点の注意も必要です。

※社会福祉法人以外の新設法人で、事業年度開始の日における資本または出資の額が1,000万円以上のものについては、納税義務は免除されません。