けれども平成15年度の税制改正により、医療法人は平成16年4月1日以降に開始する事業年度から、個人病院は平成17年から、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の事業者に限り、消費税の納税義務が免除されることになります。

改正前		改正後
免税事業者の適用上限 基準期間の課税売上高が3,000万円以下		免税事業者の適用上限 基準期間の課税売上高が1,000万円以下

ですから、個人診療所、医療法人、国、地方公共団体、公益法人、公益法人等はもちろん、非居住者または外国法人でも、国内で課税資産の譲渡等を行うのであれば、消費税の納税義務者となります。

ただし、国内取引は、小規模事業者などの納税義務が免除されることがあります。