わかりやすくいうと、実質的な事業主が誰かにより判定するということです。

(1)　生計を主宰する人が、一の店舗で事業を経営し、他の親族が他の店舗で事業に従事している場合や、生計を主宰する人が、会社・官庁などに勤務し、他の親族が事業に従事している場合、において、その他の親族が、事業用資産の所有者や賃借権者であって、かつ、その事業の取引名義人の場合
・・・・・他の親族を、従事している事業の事業主とします。

(2)　生計を主宰している人以外の親族が、医師、歯科医師、薬剤師、税理士その他の自由職業者として、生計を主宰している人と共に事業に従事している場合において、両者の収支が区分されていて、かつ、他の親族が、生計を主宰している人に従属して事業に従事してない場合
・・・・・他の親族の収支として区分された部分の事業主は、他の親族になります。

(3)　生計を主宰している人が遠隔地で勤務している場合のように、生計を主宰する人と事業に従事する他の親族とが、日常の起居を共にしていない場合
・・・・・他の親族を従事している事業の事業主とします。

仮に薬局の仕事が医院で作成した処方せんに従って薬剤を調製することだけが仕事であって、市販の薬品は置いていないというような場合だと、薬局経営は医院の経営に従属していると認められますので、上記の（2）にはあてはまらないものと思われます。

そういった場合ですと、薬局の経営支配力が誰にあるかにより判定することになりますが、薬局経営が医院経営に従属する限り、その経営支配力は医院の経営者であるあなたにあると思われます。

なお、上記の（1）〜（3）に該当しない場合でも、事業主は生計を主宰する人と推定されますので結果は同じことになります。

1.　使用者が業務上の必要性から、役員や使用人の職務に直接必要な技術や知識を習得させたり、免許・資格を取得させるための研修会・講習会などの出席費用や大学などの聴講費用

2.　使用者が、高等学校など学校教育法による学校（大学と高等専門学校は除かれます）に在籍する使用人に支給する修学のための費用（役員や使用人の個人の親族だけを対象とするものは除かれます）。

このように、使用者が使用人に支給する学資金についての非課税の取扱いは、原則として高等学校までのものしか認められていません。

ですから、ご質問のように、従業員が大学へ進学したような場合に支給した授業料については、その使用人への給与として課税されることになります。