(１)　使用を廃止し、今後通常の方法で事業用に使用する可能性がない固定資産

(２)　特定の製品の生産のために専用されていた金型などで、その製品の生産を中止したことにより将来使用される可能性がほとんどないことがその後の状況などから明らかな固定資産

よって、ご質問の場合、使用しなくなった旧式の機械は、上記の(１)の固定資産に該当します。
また、処分見込価額はないと思われますので、旧式の機械の未償却残額の全額を必要経費にできます。

ただし、事業用固定資産の譲渡損失は、損益通算という形で事業所得と差引き計算することができます。

また、下取りに出した旧自動車の５０万円は、課税資産の譲渡等になります。