どちらの未償却残額でも差し支えありません。

ただし、(２)の金額を使う場合には、店舗の償却費１，０００，０００円を本年分の所得の必要経費にします。

この資産損失の金額は、事業用固定資産の未償却残額を基に計算することになっています。

もう少しわかりやすく言いますと、資産の取壊しなどの日に、その資産の譲渡があったと仮定して計算される「仮定取得費」ということができます。

よって、平成１３年以後は、資産損失の計算の際の未償却残額は、納税者の選択によって異なることになります。つまり、償却費を仮定取得費に含める場合には、前年分の未償却残額が、そうでない場合には、資産の取壊しなどの日の未償却残額が、資産損失の計算の際の未償却残額になります。

なお、取壊し等の年分の償却費を仮定取得費に含めないことを選択した場合には、その償却費は、取壊し等の年分の必要経費になるものと思われます。

※ただし、譲渡やこれに関連して生じたものは除かれます。

ですから、ご質問の場合は、床面積により按分するのが合理的かと思われます。