貨物として使用していても、３ナンバーで登録されている場合には、貨物自動車の耐用年数を適用することはできません。

よって、「自動車」の「その他のもの」の「６年」を適用してください。

３ナンバー登録の車は、自動車登録規則では「人の運送の用に供する乗車定員１０人以下の普通自動車」にあたります。

よって、貨物用としてワゴン車を使用していても、貨物自動車の耐用年数を適用することはできないということになります。

ただし、木造、合成樹脂造、木骨モルタル造の建物の建物附属設備については、その取得価額が建物全体からすれば少額であると認められますので、その建物の耐用年数を適用することができることになっています。

よって、ご質問の場合は、建物全体の取得価額をもとに、建物の耐用年数を適用して減価償却費を計算することができます。